在脈沖袋式除塵器的日常運行中，由于運行條件會發生一些改變，或出現一些故障，都會影響到設備的正常運行情況及工作效率，所以在除塵器的運行中要注意以下幾個方面的問題：
1、運行記錄
每個通風除塵系統都要安裝及備有必要的測試儀表，在日常運行中要定期的進行測定，并準確的記錄下來，這就可以根據系統的壓差，進出口氣體溫度，主電機的電壓、電流等數值及變化來判斷，并及時的排出故障，確保除塵器的正常運行。
2、流體阻力
U型壓差計可用來判斷運行情況：如壓差增高，意味著除塵布袋的堵塞、除塵布袋上有水汽冷凝、清灰機構失效、灰斗積灰過多導致堵塞除塵布袋、氣體流量增多等情況。而壓差降低就意味著出現了除塵布袋破損或者松脫、進風側管道堵塞或者閥門關閉。
除塵器開始運轉時，出現異常的溫度、壓力、水分等將給新裝置造成損害。氣體溫度的急劇變化，會引起風機軸的變形，造成不平衡狀態，運轉就會發生振動。一旦停止運轉，溫度急劇下降，再重新起動時就又會產生振動。好根據氣體溫度來選用不同類型的風機。
3、維護工作
要經常檢查控制閥、電磁閥以及定時器等的動作情況。
電磁閥橡膠膜片的失靈是常見故障，會直接影響清灰效果。該設備屬于外濾式，袋內裝骨架，要檢查固定除塵布袋的零件是否松馳，布袋的張力是否合適。因此要求除油霧及水滴，且油水分離器經常清洗，以防運動機構失靈及布袋的堵塞。